Высшим органом управления согласно Уставу является Учредитель.
Исполнительным органом управления является Директор — Самойлова Ольга Наумовна.
Профессиональная образовательная организация частное учреждение «Магистраль» (ПОО ЧУ «Магистраль») структурных подразделений не имеет.